馬來西亞發展清真認證(Halal Certification)歷史悠久。在1968年馬來西亞政府設立伊斯蘭教組織，以專責管理清真的相關事務，該部門於 1997年改名為「馬來西亞伊斯蘭教發展部」(馬來名稱為 Jabatan Kemajuan Islam Malaysia, 英文名稱為 Department of Islamic Development Malaysia，簡稱JAKIM)。2001年時，JAKIM 將清真業務移轉到IDC (Ilham Daya Consolidate Sdn Bhd)。因為清真驗證的標準制定、研究發展和稽核等事務困難繁雜，加上馬來西亞政府希望發展成為世界清真認證與驗證的龍頭和權威，於是馬來西亞政府以JAKIM的經驗與人員為班底，於2006年9月18日成立「清真產業發展機構」(Halal Industry Development Corporation, HDC)，將所有的Halal業務都移交給HDC管理，目的是要推動馬來西亞成為清真產業中心，而且是ㄧ個能提供參考和依據等服務的中心。2009年，JAKIM再次重整業務，將HDC的屬性轉換成單純的清真事業輔導單位及推廣活動的主辦單位，而清真認證的工作則由官方的 JAKIM全權負責。先前由HDC所授予的清真認證必須再次向JAKIM申請，才算有效。

JAKIM提供的清真驗證分成國際清真驗證和馬來西亞當地的清真驗證，在JAKIM的網站可以輕易獲得申請程序、表格與規範等相關資訊。JAKIM所驗證的領域廣泛，包含末端消費品如食品、美容和個人衛生保養產品、醫療保健產品，此外還包括加工廠、屠宰場、商店等製造業與通路。在國際清真認證方面，除了JAKIM直接認證外，目前JAKIM也承認40個國家中67個清真驗證機構所發出的清真證書。由於馬來西亞清真食品認證制度發展最早，其標準也被國際所採用，國際食品法典委員會(Codex Alimentarius Commission，簡稱CODEX)以馬來西亞認證制度為標準，加上馬國政府一直積極在清真產業上強化領導的角色，故想要開發清真食用品市場的廠商都會參考馬國建立的制度與規範。

為促進馬來西亞清真產業發展，馬國政府積極成立清真工業園區，園區內的清真公司可以共用某些設施，例如儲存設施、冷藏鏈倉庫以及服務支援，或者在園內一起開發供應鏈，藉此締造協同效益。目前馬來西亞有25個清真工業園，除了馬來西亞本地食品加工公司外，多家跨國公司也在馬來西亞成立食品製造廠，將馬國作為清真食品生產基地，取得馬國清真認證，進一步向外銷售至其他國家。

在東南亞區域方面，馬來西亞於1993年和泰國及印尼組成了IMT-GT (Indonesia-Malaysia-Thailand Growth Triangle)的清真區域聯盟，希望在經濟貿易上相互合作經營全球的穆斯林市場。

在進口食品方面，所有進口到馬來西亞的清真食品都必須有出口國之清真認證，而作成該清真認證之機關必須受到JAKIM之認可，始能對出口至馬來西亞之食品進行清真認證。JAKIM不僅要求其認證機構對於食品本身之認證，更要求認證中心應對食品來源之工廠或屠宰場進行監測與審核，認證中心對於符合清真標準之貨物核發清真認證。此外，JAKIM亦要求各國之認證機構應記錄相關工廠之監測與審核活動，並在JAKIM要求時提交該等記錄。而台灣清真產業品質保證推廣協會(THIDA) 已獲得馬來西亞、新加坡等國之認可。